SMPI Al Azhar 16 Cikarang memiliki dua program kelas yaitu kelas tahfidz dan kelas bilingual. Kelas Tahfidz merupakan kelas dengan tambahan program tahfidz yang lebih intens. Salah satu program khusus kelas tahfidz adalah MT2 (Mabit, Tahsin, Tahfidz).
Kelas Bilingual adalah kelas yang menggunakan bahasa inggris dalam pembelajaran khususnya dalam pelajaran IPA dan Matematika yang menggunakan buku paket berbahasa inggris.